ثمرهی به جا مانده از حاکمان ایلخانی شکلگیری حکومتهای ملوکالاطوایفی چوپانیان، جلایریان، سربداران، تیموریان، قراقویونلو و آق قویونلو در ایران و آسیایصغیر بود. از این حاکمان محلی سه حاکمیت در صحنه سیاسی آینده منطقه و شکلگیری حاکمیت مذهبی قزلباشان بر ایران نقش عمدهای ایفاء نمودهاند. البته نقش حاکمیت امرای سربدار که 14 سال ادامه داشت بسیار کمتر از دو حاکمیت شیعه قرقویونلو و حاکمیت سنی آققویونلو بود. آققویونلو سلسلهای ترکمن بود که بر قسمتهایی از قفقاز، شرق ترکیه و بخشهایی از ایران دراواخر دوران ایلخانی یعنی از سال 1378 تا 1508 میلادی فرمان میراند. فرمانروایان آققویونلو برای خود ازعنوان شاه ایران استفاده میکردند و خود را وارث شاهان اسطورهای ایران باستان مانند فریدون، جمشید و کیکاووس میدانستند. محدوده فرمانروائی سلسله آققویونلوها در دیاربکر با مرکزیت آمِد در اراضی بین دجله و فرات همراه با اورفا و ماردین در جنوب و بایبورت درشمال امتداد داشت، اما اغلب درگیر منازعات و کشمکشهای خصومتآمیز با حکام همسایه و محلی بودند که هدف آن نیز توسعه منطقهای و قلمرو نفوذی ترکان بود.
خطرناکترین دشمن آققویونلوها در این راه اتحادیه ترکان قراقویونلو بودند. وقتی تیمورلنگ گورکانی، سنیمذهب وارد صحنه سیاسی منطقه شد و شروع به کشورگشائی نمود رؤسای قبایل ترکمانان قراقویونلو با وی از در خصومت درآمدند اما رهبر قبایل آققویونلو از این موقعیت استفاده کرده به تیمور، ملحق شد و در سال 1399 میلادی به خدمت او درآمد. قراعثمان، فرمانروای آققویونلو در نخستین لشکرکشی تیمور، به آناتولی طلایهدار سپاه تیمور، بود و در لشکرکشی بعدی تیمور، به سوریه هم نام او در میان بود. قراعثمان، بعدها در نبرد انگوریه شرکت کرده بود و تیمور، به پاس خدمات رهبر آققویونلوها لقب امیر بدو بخشید و سرتاسر اراضی دیاربکر را تیول وی ساخت و به این ترتیب دیاربکر تا هفتاد سال پس از آن مرکز سیاسی آققویونلوها بود. پس از مرگ تیمور، منازعات در سرزمینهای مصیبتزده خاور نزدیک ادامه یافت. از فاصله مرگ تیمور گورکانی، معروف به تیمورلنگ، در سال 1405 میلادی تا تشکیل حکومت فرقهای قزلباشان صفویه در ایران به سال 1501 میلادی مدت حدودا یک قرن محدوده جغرافیائی ایران دچار هرج ومرج و جنگهای خانگی بود. در طول تمام این دوران یک قرنی حکومت مرکزی قدرتمندی در ایران وجود نداشت وحکومتهای متعدد محلی که هرکدام در قسمتی از ایران حکومت میکردند جدای از جنگهای داخلی گاهاً با همسایگان قدرتمند خود چون امپراطوری عثمانی، ازبکها وگاهاً با همسایگان نسبتاً ضعیف مانند شروان و گرجستان وارد نزاع میشدند.
تمام این جنگ و گریزها باعث ضعف بیش از پیش حکومتهای متعدد محلی میشد. شهرهای بزرگ نظیراصفهان، کرمان، فارس و خراسان همواره در معرض قتلعام وغارت قرار داشتند، اما هیچ یک از این وقایع ناگوار موجب آن نگردیده بود ایران از صفحه گیتی حذف گردد، این جغرافیا هنوز نام ایران برخود داشت و تمام حاکمان محلی خود را شاه ایران مینامیدند. البته جای شک و تردید وجود ندارد که در میان تمام این نابسامانیهای منطقهای هنوز هم ابهامات تاریخی زیادی برای پژوهشگران وجود دارد که چگونه تصوف صفوی متمایل به طریقت شیعه، بعد از به قدرت رسیدن متولی شریعت شیعه اثنیعشری گردید؟ گزارشات تاریخی در این زمینه ضد ونقیض است تنها این مطلب امروزه به اثبات رسیده که نه شیخ صفیالدین اردبیلی، که در واقع بنیانگذار این خاندان است و نه شیخ زاهد گیلانی، قائد و پدر زنش هیچ کدام هرگز نه سید بودند و نه وابسته به فرقهی شیعه، بلکه هر دو نفر از سنیان شافعیمذهب بودند. ضمن این که صفیالدین اردبیلی، در 35 سال پیشوائی دراویش اردبیل نه لاف سلطنت زده بود و نه گزاف امامت و الوهیت. تنها زمانی که ریاست فرقه درویشی به جنید، یکی ازنوادههای صفیالدین، رسید یک باره لقب شیخ جای خود را به سلطان داد، ولقب شیخ که تا آن روز لقب نیاکان این طایفه بود با کلمه سلطان جا به جا گردید.
نتیجه جا بجائی عقیدتی از فرقه شافعی سنی به شیعه دوازده امامی آن گردید که شیخ جنید، تبدیل به سلطان جنید، شد که خود نشانگر آرزوهای بلندپروازنهی یک مشت خانقاهداران و دارویش صوفی بود که یکتاپرستی و توحید را در قدرت، حکومت و ثروت ارزیابی مینمودند و درمیان اقیانوس خرافهگرائی شریعت و طریقت در تردد بودند. اسمعیل صفوی، نوجوان تحت تاثیرات سران قبایل ترک و ترکمن قزلباش هم لقب سلطان را به شاه تبدیل نمود که به اثبات برساند تمام لاف و گزافهای این جماعت تشنه قدرت و ثروت در مورد بیارزش انگاشتن دنیا نه برای گسترش یکتاپرستی و توحید بلکه برای فریب مردم و به دست گرفتن قدرت، حکومت و ثروت بوده. زمینههای پیدایش ارتباط طریقت صفویه با قبایل قزلباش آناتولی ریشه در قرن 12 میلادی دارد. در واقع با تسلط اسلام برآسیایمیانه و نابودی امپراتوری گوکترک مهاجرت انبوه قبایل ترک و ترکمن به این منطقه آغاز گردید، منطقه آناتولی یا آسیایصغیر که از دیرباز مهاجرپذیر بود با ورود ترکمانان سلجوقی به آن سرزمین رنگ دیگری گرفته بود. پیشتر اقوام دیگری چون: یهودیان ، ارامنه و اعراب که هر یک به دلایلی سرزمینهای اصلی خویش را ترک کرده بودند سبب به وجود آمدن دو فرهنگ متفاوت یعنی شهری و روستایی در ناحیه آناتولی شده بودند. تقابل این دو فرهنگ با هم به ویژه نیرومند بودن بار اعتقادی روستایی و عشیرهای نوعی دوگانگی عقیدتی و سیاسی را بین شهر و روستا پدید آورده بود، و فقر و تهیدستی و نارضایتی ایلات عشایر کوچنشین زمینه را برای تبلیغات اهل طریقت و صوفیان اسلامی و شعارهای آرمانی و رهاییبخش فرقههای شیعی به ویژه شیعیان غالی را فراهم ساخته بود. رؤسا و پیشوایان عشایر که در لباس باباهای آسیایصغیر ظاهر میشدند در واقع ادامهدهندگان راه و روش شمنهای آسیایمیانه بودند که عشایر اطاعتشان را واجب میدانستند. جنبش بابائیان در قرن 14 میلادی به دست همین رهبران و با کمک ایلات و عشایر ناراضی برپا شد و بابا اسحاق چهرهی شناخته شدهای از رهبران قیام بابائیان به ظاهر علیه مظالمی بود که برکوچنشینان و روستائیان آسیایصغیر رفته بود.
پارسادوست، در کتابش مینویسد: این گروه که شیعیان حکومت عثمانی را تشکیل میدادند از زمان تأسیس دودمان عثمانی در آسیایصغیر زیر فشار شاهان متعصب سنی و حاکمان محلی برگزیدهی عثمانی قرار داشتند. با برپائی دودمان صفوی در ایران به تقویت آن دودمان پرداختند. آنان پول و نذر و پیشکشها را برای خانقاه اردبیل ارسال میداشتند و گروه هایی نیز با زن و فرزندان خود به سوی ایران که پناهگاه امن آنان شناخته میشد رهسپار گردیدند. از زمان شیخ صفیالدین اردبیلی، برخی از کسانی که مرحلههای طریقت صوفی را طی کرده بودند به عنوان خلیفه انتخاب میشدند و سرپرستی ناحیهای یا گروهی از صوفیان به آنان سپرده میشد. اینان در ناحیهی خود و عموماً در آناتولی، شام و دیاربکر، به تبلیغ طریقت صفوی و افزایش تعداد مریدان می پرداختند و با تشکیل جلسههای ذکر قواعد این طریقت را به مریدان می آموختند. گروههای باقیمانده از ترکمانان دورهی سلاجقه آسیایصغیر که بعدها به علویان عثمانی موسوم شدند را بعدها در تاریخ قزلباش نامیدند عنوانی که از سوی دشمنان آنان به آنها اطلاق شد.
قزلباشان ابتدا از هفت قبیله روملو، شاملو، استاجلو، تکلو، ذوالقدر، افشار و قاجار و دو گروه دیگر به نام، صوفیان ورساق و قراباغ بودند. این قبیلهها عموماً از آسیایصغیر و شام یا سوریه فعلی به ایران کوچ کرده بودند. فاروق سومر، ترکشناس و استاد دانشگاه ترکیه قزلباشان را به عنوان ترکان غیرعثمانی یا ترکمانان میشناسد، و آنان را به قبایل بزرگ و کوچک تقسیم میکند. قبایل بزرگ روملو و چهرههای چون نورعلی خلیفه، پیری بیگ و دیو سلطان، قبایل استاجلو که قسمت مهم مریدان شیخ جنید، و سلطان حیدر، را تشکیل میدادند، قبایل تکلو با چهرههائی چون ساروعلی تکلو، چوهه سلطان، قبایل شاملو و چهرههائی چون حسین بیگﻟﻟﻪ، دور میشخان، قبایل ذوالقدر و چهرههائی چون دده ابدالبیگ، الیاس بیگ، و قبایل کوچک به نامهای ورساق که به قورچیان تبدیل شدند و چهرههای چون قاسم خلیفه، و مصطفیبیگ، را شامل میشدند، ترکمانان ساکن حلب سوریه و قبایل کوچک و چهرههای ناشناسی که به مجموعهی قزلباشان آناتولی پیوستند را معرفی میکند که با دیگر گزارشات تاریخی منطبق و هماهنگی دارد.
نقش ترکان آناتولی یعنی قزلباشان در دورهی شیخ جنید، یعنی بعد از اختلاف به عمویش شیخ جعفر، و مهاجرت به آناتولی پررنگ میشود. فاروق سومر، در این زمینه میگوید: شکلگیری عنصر قزلباش و آغاز زمینهی پیدایش حکومت شیعی صفویه در ایران به فعالیت شیخ جنید، ارتباط مستقیم دارد. یکی از مهمترین عوامل وابستگی ترکان آناتولی به طریقت صفوی شیخ جنید، بود. او برای تصاحب مقام شیخی با عموی خویش شیخ جعفر، بر سر مدیریت خانقاه اردبیل به مجادله برخاست ولی به سبب عدم موفقیت مجبور به ترک اردبیل گردید و به آناتولی رفت. شیخ جنید، در آناتولی زمینهی بسیار مساعد و دور از انتظاری یافت زیرا هنگام گردش در میان چادرنشینان و دهقانان با بسیاری از افراد شیعه و یا مستعد و متمایل برای قبول فرقهی شیعه روبرو گردید. بدون شک سخنوری شیخ جنید، موجب گردید که در میان دهقانان و چادرنشینان آناطولی مریدان زیادی پیرامون خود جمع کند. حتی شیخ جنید، موفق گردید از مریدان خود سپاه 5 الی 10 هزارنفری مسلح تشکیل دهد. وی درعین حال با ادعای اولاد علیبن ابیطالب، اولین امام شیعیان بودن جنبهی سیاسی فعالیت خود را آشکار ساخت. عدم رضایت دهقانان و چادرنشینان ترک و ترکمن از خرابی اوضاع اقتصادی و سیاسی مملکت و همچنین زیرکی جنید، انگیزهای برای جلب توجه این افراد شد.
شیخ جنید با حمایت یاران خود در آناطولی از شیروانشاه با نام اصلی خلیلالله شکست خورد. اما در دوره حیدر، بخشی از مریدان با استعداد وی در آناطولی، پس از گذراندن دوره های خصوصی و تکمیل اطلاعات، با عنوان خلیفه برای تبلیغ به ممالک دیگر فرستاده میشدند. وظیفهی خلفا، تبلیغ طریقت صفوی و جمعآوری مال برای شیوخ بود. سر این طریقت در اردبیل و بدنش در آناطولی بوده است. پیروان طریقت صفوی در ایران، بیشترشان از اردبیل، ترکان قراچه داغ، اهالی طالش و از چادرنشینان قبایل قاجار و قرامانلوی ساکن اَران به شمار میرفتند.